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凍干的菌種應用在微生物，特別是益生菌、工業發酵菌和標準菌種等。如枯草芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、乳酸菌等凍干后添加到飼料中；生產酶制劑的菌種也常通過凍干保存；將如根瘤菌、膠凍樣類芽孢桿菌等有益微生物凍干后制成菌肥；蘇云金芽孢桿菌凍干后制成生物殺蟲劑；將嗜熱鏈球菌和保加利亞乳桿菌等發酵菌種凍干成直投式發酵劑。
菌種凍干的過程包括：1.先是培養菌種讓菌體達到高密度、高活性。2.通常通過離心收集菌體。3.在添加保護劑時要將菌泥與預先配制好的凍干保護劑溶液充分混合。4.然后將混合液分裝到凍干瓶或西林瓶中等包材中。5.先將菌種快速降溫至大約-35℃ ~ -50℃，使菌種樣品凍結。6.進行一次干燥，在真空下進行升華，去除菌液內大部分自由水。7.在進行二次干燥升高溫度，去除菌液樣品內的結合水，使凍干后的菌液樣品達到極低的含水量（通常<3%）。8.最后進行壓塞密封在真空或充氮條件下密封，防止復潮和氧化。
提供菌種凍干工藝摸索（包括凍干保護劑摸索），凍干工藝優化，凍干放大生產等。
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